高频变压器中磁芯占据很大一部分，所以磁芯材料的选择格外的重要。功率铁氧体在高频时具有很高的电阻感，涡流损耗低、价格低，是制作高频变压器时的首选材料。但是它的磁导率较低，磁化电流较大，有时需用缓冲和钳位电路处理。

而合金材料磁芯，通常都具有较高的电阻率，一般轧成很薄的带料，用在较高频率。一般的合金材料虽然饱和磁通密度比铁氧体材料大得多，这通常是无关紧要的，因为磁通密度摆幅严重受到涡流损耗限制。在高温和冲击、震动大的地方，除需采用合金材料的磁芯外，一般变压器磁芯最好选择铁氧体。